أنشئت المحكمة العليا الشرعية بمرسوم من رئيس دولة فلسطين الشهيد ياسر عرفات بتاريخ 16/9/2003م، ومقرها العاصمة المقدسة مدينة القدس الشريف وهي محكمة عليا شرعية واحدة في فلسطين ذات هيئتين مركزها الرئيسي القدس الشريف والهيئة الأخرى في  المحافظات الجنوبية (غزة) وجاء في قرار تشكيلها:
1. تشكل المحكمة العليا من رئيس وأقدم قضاتها نائباً للرئيس وعدد كافٍ من القضاة.
2. يكون المقر الدائم للمحكمة العليا في العاصمة القدس الشريف وتنعقد مؤقتاً في مدينتي رام الله وغزة حسب مقتضى الحال ويجوز عقدها في أي مكان يقرره سماحة قاضي قضاة فلسطين.
3. تعقد جلسات المحكمة العليا برئاسة رئيس المحكمة العليا أو نائبه عند غيابه وعدد من أعضائها على أن لا يقل عدد أعضائها عن خمسة قضاة بمن فيهم الرئيس أو نائبه في هيئتها العادية، وتصدر قراراتها بالإجماع أو بالأغلبية ويرجح الجانب الذي فيه الرئيس، ويشترط فيمن يعين رئيساً للمحكمة العليا أو نائبه أن لا يقل عمره عن اربعين سنة شمسية وأن يكون قد شغل وظيفة رئيس محكمة استئناف مدة لاتقل عن ثلاث سنوات او شغل وظيفة قاضي محكمة استئناف مدة لاتقل عن خمس سنوات.
4. تم إقرار نظام المحكمة العليا الشرعية بشأن إجراءات التقاضي أمام المحكمة العليا الشرعية من فخامة رئيس دولة فلسطين سيادة الرئيس محمود عباس  بالقرار بقانون رقم 44 لسنة 2022م تاريخ 25/8/2022 .

 5. تم إنشاء المكتب الفني في المحكمة العليا الشرعية استنادا لنص المادة 63 من القرار بقانون رقم 8 لسنة2021 بشأن القضاء الشرعي و يختص باستخلاص المباديء القانونية التي تقرها المحكمة العليا الشرعية فيما تصدره من أحكام ،وفهرستها ، ومتابعة نشرها بعد عرضها على رئيس المحكمة العليا وكذلك تقديم الدعم القانوني والفني بناء على طلب من قاضي القضاة أو المحكمة العليا الشرعية .

اختصاصات المحكمة العليا الشرعية
تنظر المحكمة العليا الشرعية وتفصل في الطلبات والطعون في الأحكام والقرارات الصادرة عن المحاكم الشرعية بموجب القرار بقانون رقم 44 لسنة 2022 بشأن اجراءات التقاضي أمام المحكمة العليا الشرعية، والقوانين المرعية في المحاكم الشرعية، وكذلك كل ما يتعلق بالقاصرين وفاقدي الأهلية وأيه معاملات أخرى تحوّل من قاضي القضاة.
ولا تعد المحكمة العليا درجة ثالثة من درجات المحاكمة؛ لأنها لا تنظر في النزاعات وإنما تحاكم القرار الاستئنافي لمصلحة القانون إلا أنها درجة ثالثة من درجات التقاضي كما نص على ذلك قانون السلطة القضائية الفلسطيني مادة (97)، التي حددت أن المحاكم لها درجات وأنواع، والقانون يحدد طريقة تشكيلها واختصاصاتها.
ومعلوم أن المادة (101) من القانون الأساسي الفلسطيني بيّنت أن المسائل الشرعية والأحوال الشخصية تتولاها المحاكم الشرعية.

 تشكل المحكمة العليا الشرعية حاليًا من أصحاب الفضيلة القضاة التالية أسماؤهم
1- القاضي ماهر عليان خضر / رئيسًا مكلفًا

2- القاضي مازن الآغا / عضواً 

3- القاضي عطا محمد فايز المحتسب / عضواً 

4- القاضي جاد الجعبري / عضواً

5- القاضي توفيق أبو هاشم / عضواً